Dopo aver saputo che Mulder potrebbe essere morto, le paure di Scully aumentano quando William viene rapito dal culto alieno.

Riassunto:
      Capitan Zeke Josepho ricorda un momento della campagna Desert Storm del 1991 che ha cambiato la sua vita per sempre. L'unitą di Josepho era stata raggiunta da delle truppe irachene, e sebbene tutti gli uomini sono stati uccisi, Josepho era ancora vivo. Ha osservato un gruppo di quattro soldati ben equipaggiati correre attraverso il deserto verso un accampamento iracheno. Il fuoco che li raggiungeva non aveva effetto. I soldati hanno tolto le spille alle loro granate e si sono diretti direttamente verso il covo del nemico. L'edificio esplose, ed i soldati ne uscirono fuori incolumi. Josepho seppe allora che la sua vita č stata risparmiata in modo che potesse divulgare il messaggio del "Dio che č venuto prima di tutti gli altri Dei" e che č il responsabile di questi uomini miracolosi. Ora borghese, Josepho racconta questa storia mentre sta in piedi sopra una nave spaziale dissotterrata all'interno della tenda in Canada (vista precedentemente in 9X09). I simboli sull'artefatto rappresentano tutte le religioni del mondo.
      All'FBI l'uomo con lo stuzzicadenti osserva i Guerrieri Solitari analizzare i colpi dei sospetti che hanno rapito il bambino di Scully. Nel frattempo, il vicedirettore Follmer informa una task force del rapimento di William e delle condizioni critiche di Doggett conseguenti all'attacco. Scully č spaventata dal fatto che Follmer istruisca l'indagine, e se ne va risentita. Quando Skinner la ferma, accusa l'FBI di tentare di sbarazzarsi di qualsiasi elemento degli X-files - che include non solo Doggett e Mulder, ma anche suo figlio. Skinner si arrabbia per le sue dichiarazioni, ma č ancora preoccupato per Scully.
      Reyes vigilia in piedi mentre Doggett giace in coma all'Ospedale San Mary. Quando Skinner viene a fare una visita, Reyes riceve una telefonata di Scully. Scully le chiede di incontrarsi, ma di non dirlo a Skinner. Reyes arriva all'appartamento di Scully, dove i Guerrieri Solitari lavorano su un portatile. Hanno identificato la donna col soprabito, ma non lo hanno detto all'FBI. Byers era stato in grado di nascondere un cellulare nel sedile per auto di William, e sperano di seguire le tracce del segnale telefonico per trovare il bambino. Il segnale proviene da Warfordsburg, Pennsylvania, e Scully si lancia all'inseguimento di William con la propria arma. La Reyes la segue.
      In Pennsylvania la donna col soprabito lascia William nella macchina per fare una telefonata da un telefono pubblico. Chiama Josepho, che osserva dei membri del culto che cercano di aprire la nave spaziale. Quando informa Josepho che ha il bambino, la nave intrappola i lavoratori sotto una cupola della stessa. Scully e Reyes finalmente arrivano all'ubicazione del telefono pubblico, e mentre l'auto č ancora lą, la donna col soprabito e William sono scomparsi. Il sedile del bambino ed il cellulare sono rimasti sul sedile posteriore dell'auto.
      Reyes ritorna al San Mary, e prega nella cappella dell'ospedale per la guarigione di Doggett. Follmer la trova lą, e l'informa che sa che ha cercato di prendere il rapitore. E' consapevole che ci sono delle forze all'interno dell'FBI che tramano contro di loro, ma Follmer giura che lui in realtą č al suo fianco. Follmer ha ora bisogno del suo aiuto. Robert Comer, l'agente dell'FBI che Scully ha colpito nel 9X09, si č svegliato ed ha scritto la parola "giacca" su un bloc-notes. Follmer vuole che la Reyes scopra da Scully ciņ che quella parola significa. Reyes avvicina Scully con il foglio, ma Scully si rifiuta di dire all'FBI quello che sa. Comer aveva portato il manufatto della nave spaziale nella propria giacca. Quel manufatto č stato in grado di guarire le sue ferite dopo l'incidente motociclistico avvenuto sul confine con il Canada. Reyes segue Scully all'ospedale, dove strisciano nella stanza di Comer. Scully sfiora con il manufatto la ferita d'arma da fuoco di Comer, ed il suo battito cardiaco riappare normale. Si sveglia, ed afferra il braccio di Scully. Lei minaccia di ucciderlo se non le spiega perchč voleva il suo bambino. Comer spiega che Josepho č il comandante di un culto i cui seguaci credono che una razza aliena dominerą il mondo. La nave spaziale che hanno trovato č una manifestazione fisica di Dio. Dio ha parlato a Josepho, e gli ha detto che William č il futuro Redentore che cercherą di prevenire il ritorno degli alieni - proprio come ha tentato di fare suo padre. William riuscirą a fermare questa colonizzazione se suo padre, Mulder, non sarą ucciso. Per adempiere alla profezia, Mulder č stato ucciso. Josepho ora vuole proteggere William, ma Comer č venuto per sbarazzarsi di William con l'intenzione di applicare i propri piani per prevenire che gli alieni conquistino il mondo. Comer cerca di raggiunge il manufatto per completare la sua guarigione quando un'infermiera entra con l'uomo con lo stuzzicadenti. Scully copre con le lenzuola il manufatto. L'uomo con lo stuzzicadenti ordina a Scully e Reyes di andarsene. Mentre gli altri se ne vanno, lui resto infaustamente nella stanza di Comer.
      Presso la tenda in Canada, gli uomini di Josepho cercano di aprire il nave spaziale per salvare i membri del culto al suo interno. Quando la donna col soprabito entra nella tenda con William, la cupola della nave spaziale si apre inesplicapilmente. Gli uomini che sono stati intrappolati vengono trovati bruciati e fumanti.
      Scully e Reyes si nascondono nella cappella dell'ospedale, e Scully ammette con la Reyes le sue paure che suo figlio sia un'abominazione destinata a morire. Reyes convince Scully che questa percezione č dovuta solo alle credenze di un'uomo e che possono anche non essere vere. Skinner entra con la notizia della morte di Comer. Dato che loro sono sospettate, gli consiglia di andarsene immediatamente. Reyes si precipita nella stanza di Comer. Reyes riesce a prendere il foglio di Comer, ma il manufatto č sparito. Reyes crede che l'uomo con lo stuzzicadenti abbia cercato il manufatto, e cerca Scully per informarla sulle sue conclusioni. Scully, invece, č andata nella stanza di Doggett. Doggett improvvisamente si sveglia dal coma, e dice a Scully di aver sentito qualcuno parlare. Doggett avverte Scully che qualcuno sta arrivando per lei, ma che non dovrebbe fidarsi di lui. Il cellulare di Scully suona. E' Josepho, le dą delle severe istruzioni che deve rispettare per poter rivedere suo figlio.
      Scully incontra Josepho, sola, in un diner appena fuori Calgary, Canada. Lui le dice che ha visto i Super Soldati, e che sono i veri figli di Dio. Josepho crede che William sarą il comandante della razza aliena che dominerą la Terra. Sebbene Josepho credesse che Mulder fosse morto, ora ha dei dubbi. Si offre di restituirle William quando gli porterą la conferma della morte di Mulder. Mulder vivo č l'unica cosa che impedirą a William di guidare gli alieni. Scully accusa Josepho di mentire, e lui le chiede di portargli la testa di Mulder. Josepho esce, e Scully chiama rapidamente la Reyes in un furgone vicino. E' con i Guerrieri Solitari, che hanno cablato la macchina di Josepho. Mentre i Guerrieri Solitari tengono sotto controllo Josepho, Reyes e Scully lo seguono. Poco dopo i Guerrieri Solitari perdono il segnale, e Scully viene costretta a fermarsi. Vede una tenda bianca in lontananza e corre verso di essa. Nel frattempo, all'interno della tenda, William comincia a piangere. Al suono della sua voce, le pareti dell'astronave improvvisamente cominciano a girare e a dissotterrarsi dal terreno. La nave allora emana una colonna di luce bianca verso il cielo, e comincia a vibrare e a ronzare. I membri del culto osservano la nave spaziale che comincia ad affiorare. Scully e Reyes vedono la nave andarsene via nella notte. La tenda esplode in fiamme. Le due corrono verso i resti della tenda, scoprono dei corpi attorno alla buca. Improvvisamente sentono il grido di un bambino. William giace sul terreno, incolume.
      Reyes trova Doggett nella cappella all'Ospedale San Mary. Lui le dice che quando era in coma, una voce gli ha detto di alzarsi e di avvertire Scully su questo uomo. Doggett chiede alla Reyes se era lei che parlava con lui. Lei gli dice di no.
      Presso FBI Follmer dice a Kersh che č appena venuto a sapere che i monitor nella stanza di Comer mostravano che i segni vitali dell'uomo erano ritornati normali proprio prima della sua morte. Follmer č disorientato, e non ha nessuna spiegazione per questo. L'uomo con lo stuzzicadenti attende nell'ufficio di Kersh, e Kersh gli dą il fascicolo del caso. Kersh allora si congratula con lui perché ora tutto quello che riguardava il caso č sparito. Comunque, il caso sembra che sia ancora aperto. "Sono sicuro di potermi prendere cura di quello," risponde l'uomo con lo stuzzicadenti. Non viste sul collo dell'Uomo con lo stuzzicadenti ci sono le familiari vertebre che indicano un replicante alieno.