Un Mulder privo di sensi sogna di abbandonare gli X-Files, ma Scully rimane fedele al suo percorso nel tentativo di trovarlo.

Riassunto:
      Molder sogna di una giovane coppia che insegna a camminare a loro filgio su una spiaggia, Mulder e' ancora in ospedale, in coma. Sua madre prova a parlargli ma non riceve risposta. La signora Mulder non sente il suo pienamente vigile figlio che la chiama nella sua mente. Ma l'Uomo che Fuma sa che Mulder puo' leggere i suoi pensieri. Inietta nella testa di Mulder un siero che permette a Mulder di Muoversi e di parlare. L'Uomo che Fuma gli offre una mano. Mulder sogna nuovamente il bambino sulla spiaggia mentre le parole dell'Uomo che Fuma lo cullano: "Prendi la mia mano perche' io sono tuo padre".
      Scully lavora senza posa per trovare la causa della malattia di Mulder, quando Kritschgau si introduce nell'ufficio. Egli afferma che l'esposizione all'energia dell'astronave ha attivato il virus alieno che era stato iniettato a Mulder alcuni anni prima. Kritschgau chiede dei progressi di Scully, ma vengono interrotti da una chiamata di Skinner: Mulder e' scomparso dall'ospedale. Scully corre all'ospedale e viene a sapere che e' stata la madre di Mulder che ha firmato per dimetterlo. Skinner dice a Scully che lui deve rimanere escluso dal caso e non deve sapere dove si trovino gli agenti. La posizione di skinner e' compromessa. Mulder vede di nuovo il ragazzo sulla spiaggia e si sveglia trovandosi nell'auto dell'Uomo che Fuma. L'Uomo che Fuma gli racconta che i suoi dottori hanno lavorato su di lui e che l'unica via che puo' salvarlo dalla morte e' di sparire in una specie di propgramma di protezione testimoni. L'Uomo che Fuma risale per una strada suburbana e mostra a Mulder la sua nuova vita. L'Uomo che Fuma gli offre l'opportunita' di tornare alla vita precedente con gli X-Files, ma Mulder e' curioso circa questa sua nuova casa. E' compiaciuto nel trovare il frigorifero pieno dei suoi semi di girasole preferiti. Mentre ne lancia uno in bocca viene spaventato dalla presenza di un vecchio alleato - Gola Profonda (ucciso nella prima stagione in The Erlenmeyer Flask \ Nuove creature). Gola profonda si vanta della sua pacifica vita in questo vicinato ed incoraggia Mulder ad unirsi a lui. Ma Mulder viene sopraffatto dalla colpa per aver causato la supposta morte dell'uomo. Gola Profonda gli dice che non deve sentirsi responsabile per la sua morte o per la morte del padre di Mulder, per la sorella di Scully o per Duane Barry. Gola Profonda gli spiega che loro sono solo due pupazzi in un piano piu' grande. Persuade Mulder a rilassarsi e a godersi la sua nuova vita.
      Scully trova l'anziano navajo Albert Hosteen (visto morente in Biogenesis) nel suo appartamento. Hosteen l'avverte che deve salvare Mulder per la salvezza dell'umanita'. Scully torna all'ospedale. Riguarda il nastro della sorveglianza della camera di Mulder dove riesce a vedere attraverso un monitor per lo piu' oscurato che la madre di Mulder parla con qualcuno con una sigaretta. Questo convince Scully che dietro alla scomparsa di Mulder ci sia l'Uomo che Fuma. All'FBI, Scully riceve una busta della corrispondenza interna contenente un libro riguardante i riti dei nativi americani. I simboli sulla copertina del libro corrispondono con quelli che stava studiando sull'astronave in Africa. Legge di un mito che parla di un'estinzione di massa e di un uomo che puo' salvare il mondo da questa tragedia. Chiama Skinner per chiedergli se e' lui la fonte di questo indizio. Scully ha dedotto che loro hanno preso Mulder in quanto pensano che la sua malattia sia una protezione contro l'imminente calamita'. Uno Skinner apprensivo pero' riaggancia il telefono. Scully sale nel suo ufficio e vede Skinner piegato dal dolore mentre un uomo con la barba fugge. Scully va da Kritschgau e l'ammonisce di non rivelare il segreto della malattia di Mulder. Kritschgau e' entrato nei suoi files e le spiega che le ricerche di Scully proveranno che Mulder e' stato trasformato biologicamente in un alieno.
      Mulder ha un'altra visione della spiaggia. Il ragazzino e' triste per il fatto che la sua scultura di sabbia sia stata distrutta da un'onda. Mulder lo conforta e incoraggia il ragazzo a ricostruirla. Mulder viene svegliato da Diana Fowley cha va nel suo letto, convincendolo delle gioie del matrimonio. Fanno l'amore. La mattina seguente, Diana prova a persuadere Mulder che puo' diventare un padre. Lei lo porta a casa dell'Uomo che Fuma che abita li vicino e gli mostra la figlia dell'Uomo che Fuma, Samantha Mulder. Improvvisamente ci si ritrova in una sala operatoria. L'Uomo che Fuma dice a Diana che gli uomini come Mulder sognano una vita semplice. Dice questo riferendosi al vero Mulder che giace su di un tavolo con la testa intrappolata in un dispositivo chirurgico. Qui e' dove si trova in realta' Mulder. L'illusione di piaceri domestici e' solo nella sua mente.
      All'FBI, Scully prova a far ricorso all'aiuto di Diana, la quale successivamente chiede all'Uomo che Fuma i motivi per aver usato Mulder negli esperimenti. Albert Hosteen riappare nell'appartamento di Scully. Le dice di cercare Mulder nel suo cuore. I due pregano insieme.
      Ancora nel suo sogno, la vita di Mulder prosegue assieme a Diana. Mulder invecchia passando attraverso il loro matrimonio, la gravidanza di lei, i bambini e la morte di lei. Mulder scivola nuovamente nel suo subconscio dove la scultura di sabbia e'diventata un'astronave. Il bambino comincia a distruggere la scultura dicendo che quella a' l'astronave di Mulder e che e' Mulder stesso che la sta distruggendo. Un Mulder invecchiato si sveglia con l'Uomo che Fuma accanto al suo letto. L'Uomo che Fuma gli dice che ora deve andarsene. Mentre Mulder chiude gli occhi, il mondo fuori e' in piena apocalisse. Nella vita reale, Mulder e l'Uomo che Fuma sono l'uno accanto all'altro su un tavolo operatorio per un qualche tipo di procedura di trapianto del materiale genetico alieno di Mulder nell'Uomo che Fuma.
      L'uomo con la barba che era nell'ufficio di Skinner uccide Kritschgau e brucia tutte le sue ricerche. Solo ora viene rivelata la sua identita': e' Alex Krycek. Una busta viene fatta scivolare sotto la porta di Scully al cui interno c'e' una tessera che conduce Scully all'installazione dove viene trattenuto Mulder. Nei suoi sogni Mulder e' pronto ad andarsene ma Scully lo costringe a persistere con la sua missione. In realta', Scully arriva nella sala operatoria per salvare Mulder. Lo sveglia e lui si fa forza grazie alla sua presenza. Scully lo aiuta a scappare.
      Scully va a controllare le condizioni dell'ancora debole Mulder nel suo appartamento. Mulder ha delle bende sulla testa a causa dell'operazione. Lui la informa che Albert Hosteen e' morto nel New Mexico. Questo turba Scully. Non crede che la sua esperienza sia stata immaginaria. Scully poi da a Mulder delle cattive notizie: Diana e' stata uccisa per averla aiutata a salvarlo. Mulder e' commosso e le rivela il suo sogno circa una vita senza gli X-Files. Ammette a Scully che nel suo sogno lei e' stata la sola che gli abbia detto la verita' e che "anche quando il mio mondo stava cadendo a pezzi, tu eri la mia costante, il mio punto di riferimento". Lei dice al suo partner di sentire la stessa cosa, e se ne va. Ancora una volta Mulder sogna il ragazzo sulla spiaggia. Questa volta stanno costruendo una grande astronave di sabbia insieme.