Gli agenti cercano delle risposte quando un gruppo di persone rapite dagli UFO si raduna - e vengono bruciate vive.
Riassunto:
      In Kazakhstan, ex stato dell'Unione sovietica, due adolescenti vedono un UFO scomparire dietro la cima di una montagna. I ragazzi fuggono via per andarlo a riferire alle loro famiglie, ma quando mentre corrono attraverso i boschi, incontrano per caso un'area piena di automobili in fiamme. Un uomo che urla, il cui corpo è in fiamme, appare fuori dal denso fumo, facendo scappare i ragazzi. Uno di loro, Dmitri, si rifugia nei boschi. La mattina successiva, viene scoperto da Krycek, che fa parte di una compagnia di un'unità di soldati russi. Col ragazzo in custodia, Krycek ed i suoi uomini avvicinano Maria Covarrubias, che, insieme a delle truppe dell'ONU, setaccia il luogo bruciato dell'incidente. Krycek dice a Maria che conosce per chi lavora - e di dire ai suoi superiori che lui ha un testimone (Dmitri).
      Tornati negli Stati Uniti, Mulder partecipa ad un forum. Non concorda con le opinioni espresse dagli oratori riguardanti una donna citata come la "Paziente X," una persona apparentemente rapita dagli alieni che cerca delle risposte sul perché gli alieni sono sulla Terra. Mulder sostiene che non c'è nessuna legame tra i militari e i rapimenti alieni. Crede invece che il governo stia sviluppando una guerra biologica e sta nascondendo il fatto inventando storie su dei "piccoli uomini verdi." Quando la discussione finisce, Mulder viene avvicinato dal dott. Werber, l'uomo che ha compiuto su di lui delle sedute di ipnosi regressive cinque anni prima (portando Mulder a credere che sua sorella fosse stata rapita). Werber rivela di essere il dottore della Paziente X. Organizza un incontro tra Mulder e la donna, Cassandra, che crede gli farà cambiare idea sulla sua nuova teoria. Cassandra crede che gli alieni siano sulla Terra per consegnare un messaggio. Ma qualcosa, teme, è andato storto.
      Krycek riesce a farsi dare delle informazioni da Dmitri picchiandolo. Quindi ordina ad un dottore russo di esporre l'adolescente all'olio nero alieno. Il liquido entra nel corpo di Dmitri attraverso la bocca ed il naso. Dmitri, i cui occhi e bocca sono ora cuciti, viene trasportato negli Stati Uniti su una nave mercantile russa. Nel frattempo, Covarrubias riunisce i membri del Sindacato sul luogo del misterioso incendio in Kazakhstan. Covarrubias crede che ciò che è successo sia diretto contro il Sindacato, e rivela che Krycek ha catturato un testimone sul luogo. Krycek telefona al gruppo offrendo di barattare Dmitri per tutte informazioni della ricerca pertinenti il vaccino per l'olio nero.
      All'edificio dell'FBI, Scully viene avvicinato dall'Agente Spender, che si presenta come il figlio di Cassandra. Spender dice a Scully che sua madre è una donna molto disturbata. Più tardi, Scully riferisce a Mulder della conversazione. Lei quindi analizza la cartella medica di Cassandra, l'interesse aumenta quando comprende che Cassandra afferma di essere stata rapita presso la Skyland Mountain, lo stesso luogo dove è stata rapita Scully da Duane Barry. La cartella rivela inoltre che Cassandra ha un impianto alla base del collo. Mulder liquida le sue scoperte, e concorda con la conclusione di Spender. Ma Scully è talmente incuriosita dagli sviluppi che va a far visita a Cassandra all'ospedale psichiatrico. Là, perde coraggio quando Cassandra le dice che alcune notti si sveglia sentendo come se dovesse essere in qualche luogo, ma non sa dove andare.
      Nel frattempo, un gruppo di persone che sono state rapite in passato si radunano presso la Skyland Mountain. Mentre un Uomo Sconosciuto guida giù dalla strada di montagna, incontra degli uomini senza volto inseguire un'altro uomo. Uno degli uomini senza volto punta una barra metallica alla schiena dell'Uomo che Fugge, facendolo andare in fiamme. Più tardi, Mulder e Scully ispezionano il luogo. La situazione spinge Scully a schierarsi su una posizione opposta a quella che normalmente prenderebbe, malgrado la mancanza di prove, crede che l'evento sia collegato al suo rapimento. Gli agenti vengono contattati da Cassandra, che li avverte che "loro" devono essere fermati. Gli agenti quindi vengono avvicinati da Spender, che gli spiega che sua madre faceva parte di un culto degli UFO.
      Nell''ufficio del Sindacato, i membri del gruppo concludono che l'ultimo incidente è diretto a sabotare il loro lavoro. Quiet Willy viene inviato ad occuparsi della situazione. Nel frattempo, Covarrubias si incontra con Krycek presso la nave mercantile, che è attraccata nel porto di New York. I due si baciano, quindi escono in modo da poter stare da soli. Quando Krycek ritorna, Dmitri è sparito. L'Uomo Distinto appare, ed esige di sapere dove è andato il ragazzo.
      Dopo aver esaminato gli indizi, Mulder conclude che le vittime del incendio di massa siano state condotte alla Skyland Mountain dal governo e quindi sono state attivate le apparecchiature dell'impianto. Ma non è in grado di spiegare perché sono state uccise. La loro conversazione viene è interrotta da una chiamata di Covarrubias, che informa Mulder dell'incidente simile avvenuto precedentemente in Unione sovietica, e del testimone, Dmitri. Improvvisamente, l'oilio nero viene essudato da Dmitri, e Covarrubias lascia cadere il telefono.
      Scully soffre di un attacco - non dissimile da quello descritto da Cassandra precedentemente. Scully va alla diga Ruskin, dove una folla di gente si è ragruppata, Cassandra inclusa, in compagnia di Quiet Willy, e Dmitri, i punti sono stati tolti dai suoi occhi e dalla sua bocca. Un nave abbagliante passa sopra le loro teste e scompare sopra le cima degli alberi adiacenti. Improvvisamente, vengono sentite delle grida provenienti dal fondo della congregazione, dove degli uomini senza volto impugnano delle armi aliene e danno fuoco alle persone.

      Continua ...