Un programma senziente per computer prende di mira i suoi creatori per eliminarli.

Riassunto:
      Molti spacciatori di crack pesantemente armati ricevono una telefonata anonima che li informa di dove si trovi il loro odiato nemico. Tutti gli uomini convergono in un dinner, ma nessuno di loro trova il loro obiettivo. Due vice poliziotti ricevono un'informazione anonima simile, avvertendoli che un fuggitivo colombiano si trova nello stesso dinner. I poliziotti entrano nel dinner ed ordinano ad ognuno di stendersi sul pavimento. Gli spacciatori di droga estraggono le loro armi e ne consegue uno scontro a fuoco.
      Mentre gli agenti osservano le conseguenze della sparatoria, Mulder toglie un'incerata dalla faccia di Donald Gelman, uno dei co-inventori di Internet. Gelman stava lavorato al suo laptop all'interno del dinner quando ha avuto inizio la sparatoria ed è rimasto intrappolato nel fuoco incrociato. Mulder fa scivolare il laptop di Gelman sotto la sua giacca e lo porta alla macchina di Scully. Trova un CD bianco nel drive del laptop, che messo nel CD-player di Scully ha prodotto della musica del'album Twilight Time dei The Platters. Confuso, Mulder porta il CD ai Guerrieri Solitari per un'analisi più accurata. Quando si vedono incapaci di rompere il codice di sicurezza del disco, Scully gli suggerisce di controllare il registro delle e-mail di Gelman. Lì trovano una comunicazione contenente un numero ID standard per un container per la spedizione marittima. La comunicazione è firmata da qualcuno chiamato Invisigoth.
      Gli agenti rintracciano il numero presso un deposito per container. Una figura balza fuori dall'oscurità, mette fuori combattimento Mulder con una pistola stordente, e fugge via nella notte. Scully acciuffa il sospetto, Esther Nairn, una bellissima ragazza con un anello al naso, e la scorta di ritorno al conteiner, il quale è colmo di sofisticate apparechhiature per computer. L'attenzione di Esther viene attirata da uno dei monitor. Dice agli agenti che un satellite armato del Dipartimento della Difesa ha inquadrato la loro ubicazione. Malgrado la storia stentata Mulder convince Scully che devono lasciare l'area immediatamente. Poco dopo, una strana luce verde proveniente dal cielo distrugge il container.
      Mulder conclude che Donald Gelman ha realizzato il sogno di tutta la sua vita: la costruzione di un'intelligenza artificiale senziente, un programma per computer con una sua consapevolezza. Esther conferma il sospetto di Mulder, descrivendo come Gelman abbia lasciato il programma su Internet così da potersi evolvere - ambiente molto simile al brodo primordiale dal quale si è evoluta l'umanità. Dice agli agenti che l'IA monitorizza tutte le comunicazioni, e che la distruggerà nel momento in cui sarà in grado di inquadrare la sua posizione. Esther rivela anche che Gelman era sul punto di creare uno speciale programma virus, soprannominato "Kill Switch", capace di mettere alle strette e distruggere il sistema del vagabondo. Invece di uccidere Gelman semplicemente con un laser proveniente dall'alto, Esther è convinta che abbia ucciso il suo creatore con una dozzina di spacciatori di crack nel tentativo di mostrare il suo senso dell'umorismo. Lei crede inoltre che il virus sia nascosto su un computer da qualche parte - ed il solo modo per uccidere l'IA è trovare e distrugge il suo rifugio.
      Accedendo agli archivi del governo, Mulder localizza una linea T3 sospetta, una come quella di cui avrebbe bisogno l'IA per accedere ad Internet. Segue il cavo presso una fattoria abbandonata dove è parcheggiata una roulotte. Nel frattempo, Esther salta su Scully e la costringe, puntandole una pistola, ad accompagnarla presso un'ubicazione isolata dove spera di trovare uno dei suoi colleghi, un uomo di nome David Markham. Esther esce dalla macchina e comincia a piangere sul luogo in cui si trova una casa demolita. Durante la sua assenza Scully tenta di aprire le manette. Esther ridà a Scully la sua pistola e le chiede di "porre fine alla sua sofferenza." Esther quindi ammette a Scully che lei e David avevano progettato di scaricare la loro consapevolezze e di entrare nell'IA. Ma Gelman ha impedito la cosa.
      Mulder riesce ad entrare nella roulotte dove entra la linea T3. All'interno scopre il corpo di David Markham, la cui faccia è celata da una maschera per la realtà virtuale. Improvvisamente, alcuni droidi a forma di granchio escono dalla giungla di cavi e bloccano Mulder. Mulder prova delle strane visioni che coinvolgono delle infermiere in un ospedale degli anni quaranta che minacciano di amputarlo, pezzo per pezzo, a meno che non rivela l'ubicazione di Kill Switch. Nel frattempo, l'IA rintraccia Scully ed Esther nella loro macchina che si avvicina ad un ponte a piattaforma girevole. Le due rimangono intrappolate e, su ordine di Scully, Esther lancia il laptop nell'acqua. Poco dopo, un raggio laser verde colpisce l'acqua.
      Scully ed Esther si arrampicano sulla roulotte dove Mulder è legato dai droidi granchio. Alcune di quelle creature robotiche attaccano, e Scully gli spara con la sua pistola. Scully trova Mulder con la testa incassato in una maschera per la realtà virtuale (la fonte delle sue strane visioni). Esther tira fuori il CD, e Scully dà all'IA quello che vuole, inserisce il disco in un drive. L'IA rilascia Mulder, e Scully lo trascina fuori. Esther accede ad una tastiera ed ordina al satellite di inquadrare le coordinate della roulotte. Quando Scully rientra nella roulotte, trova Esther con un l'elmo per la realtà virtuale, ed il corpo del suo adorato David vicino. Scully fugge dalla roulotte, ed Esther ordina all'IA di caricare. Poco dopo, un laser verde distrugge la roulotte. Quando Mulder si riprende, dice a Scully che la consapevolezza di Esther si è congiunta con l'IA.