Mulder continua la sua ricerca per una cura per la malattia di Scully - e l'identità della talpa che opera all'interno del Bureau - e riceve un aiuto da una fonte molto improbabile.

Riassunto:
      Un Mulder affannato entra in ospedale in cerca di Scully, che ha avuto un improvviso mancamento durante l'audizione presso l'FBI (vedi precedente episodio). Trova il suo corpo privo di sensi che giace in un letto, con in funzione la respirazione artificiale. Skinner spiega che Scully ha avuto un colpo ed è vicino alla morte. Quando Mulder rifiuta di cooperare con Skinner, viene scortato al quartier generale dell'FBI, dove viene interrogato dal Capo Sezione Scott Blevins e da un Agente Anziano. Ma Mulder rifiuta di cooperare con l'indagine e lascia la stanza.
      L'Uomo che Fuma si incontra col L'Anziano ed il membro del Sindacato Quiet Willy. L'Anziano punisce L'Uomo che Fuma per aver permesso a Mulder di scappare dall'installazione per la ricerca, lasciando il loro progetto vulnerabile. Ma L'Uomo che Fuma ribatte che Mulder è molto più prezioso vivo, e sta tramando per assicurarsi la sua lealtà. Quando L'Uomo che Fuma lascia la riunione, L'anziano dice a Quiet Willy che può "procedere." Scully riprende i sensi. Dice a Mulder che Skinner è la talpa che opera all'interno del Bureau. Ma Mulder ribatte che Skinner sta trattenendo le prove della scientifica su Ostelhoff, mettendo in dubbio la teoria. La loro conversazione viene interrotta dalla Sig.ra Scully e dal fratello di Dana, Bill Jr. Bill incolpa Mulder - e la sua causa - per le condizioni di sua sorella. Poco dopo, L'Uomo che Fuma avvicina Mulder. Lo informa che la fiala metallica contiene un piccolo microchip che guarirà la malattia di Scully. Più tardi, Bill Jr. esprime gravi preoccupazioni circa il chip. Ma Scully dice al dott. Zuckerman di dargli una possibilità. Nel frattempo, Kritschgau testimonia davanti alla commissione investigativa dell'FBI. Nega di conoscere dell'assassino di Ostelhoff, asserendo che suo figlio è morto poco prima nello stesso giorno, e rivela che parte della sua retribuzione consolidata da una ditta di una lobbi Congressuale chiamata Roush.
      In un tentativo di cementare la fiducia di Mulder, L'Uomo che Fuma combina un appuntamento tra Mulder e sua sorella, Samantha. Lei gli rivela che, un po di tempo dopo essere stata rapita, è stata portata in una camera d'albergo e detto che L'Uomo che Fuma è suo padre. Mulder dice Samantha che la loro madre è ancora viva ... e che le è stato mentito dalL'Uomo che Fuma. La sua testa è un turbinio di emozioni confuso, Samantha si dirige verso la macchina delL'Uomo che Fuma e scompare nella notte. Più tardi, L'Uomo che Fuma dice a Mulder che Kritschgau lo ha ingannato con una moltitudine di "belle menzogne." Chiede a Mulder di lasciare il Bureau e di lavorare per lui, ma Mulder rifiuta.
      Mentre guarda un'audizione del Congresso sulle biotecnologie, l'Anziano nota Skinner tra il pubblico. Ordina ad un subalterno di "sistemare" il problema. Blevins informa Mulder che un esame balistico ha provato che la pallottola nel corpo di Ostelhoff è partita dalla pistola di servizio di Mulder. Blevins afferma inoltre che Skinner ha lavorato all'interno del Bureau con un incarico segreto. Mulder rifiuta di credere alla storia ... e rifiuta di indicare Skinner quale talpa durante la sua testimonianza davanti alla commissione dell'FBI (anche se una tale testimonianza lo discolperebbe dalla vicenda).
      Mulder prende posto davanti alla commissione dell'FBI. Nello stesso momento, Quiet Willy, fucile alla mano, si posiziona all'interno di un garage parcheggio di fronte all'appartamento delL'Uomo che Fuma. Prima di rispondere alle domande riguardanti la sua colpevolezza nella morte di Ostelhoff, Mulder annuncia il nome della talpa che ha agito all'interno dell'FBI: il Capo Sezione Scott Blevins. Quasi nello stesso momento, Quiet Willy apre il fuoco, colpendo L'Uomo che Fuma. Blevins ritorna nel suo ufficio. Lì incontra l'Agente Anziano, con una pistola in mano. Un colpo esplode, e Blevins cade a terra. L'Agente Anziano quindi pone l'arma nella mano di Blevins. Poco dopo, Skinner dice a Mulder che L'Uomo che Fuma è morto. Sebbene non sia stato recuperato il corpo, la massiccia perdita di sangue trovato all'interno dell'appartamento non lascia altra conclusione. Durante la loro conversazione Mulder dice a Skinner che ha scoperto che Blevins era una talpa. Skinner conferma che Blevins aveva lavorato per quattro anni per una compagnia di biotecnologie chiamata Roush. Mulder quindi informa Skinner che il cancro di Scully è in fase di regressione.