Scully e Mulder vanno contro un assassino alieno invincibile per proteggere un traditore della cospirazione che può condurli alla verità ... e salvare la vita della madre di Mulder.

Riassunto:
      Mulder e Scully tentano disperatamente di proteggere la vita di Jeremiah Smith. Quest'uomo misterioso non è solo un collegamento al piano di colonizzazione -- i suoi paranormali poteri di guarigione sono la sola speranza cha Mulder ha di salvare la vita di sua madre. Il loro cammino viene ostacolato da un implacabile cacciatore di taglie alieno: un assassino da cui è difficile fuggire. Ed ancora più difficile da uccidere.
      Con l'assassino alle calcagna, Smith porta Mulder presso una misteriosa ed isolata comunità agricola. Là, Mulder rimane sorpreso nel vedere dei cloni di sua sorella Samantha, che era stata rapita dagli alieni da bambina. Smith dice a Mulder che questi bambini sono stati costruiti per essere usati come droni da lavoro. Prima che Smith possa dire di più al riguardo della cospirazione della "Colonizzazione", vengono attaccati dall'assassino alieno. Mulder è indeciso se salvare Smith o Samantha.
      Ritornata a Washington, le indagini di Scully sul passato di Smith la portano ad una inquetante conclusione. Tutti e cinque gli uomini identici chiamati Jeremiah Smith stavano segretamente catalogando l'intera popolazione umana. Ma per ordine di chi? E perché?
      Nel frattempo, l'Uomo che Fuma ed il Vecchio hanno identificato X come traditore. X cade in un'imboscata e ucciso. Mentre sta per morire, lascia dietro di sè un ambiguo indizio: le lettere "SRSG" scritte col sangue.
      Con sua madre ancora in un coma, un Mulder abbattuto segue l'ultimo dei suoi indizi fino in fondo: l'ufficio delle Nazioni Unite del Speciale Rappresentante del Segretario Generale. Un enigmatico ufficiale nega che la Colonia sia mai esistita ... mentre tiene in mano un facsicolo contenente le foto della fattoria e di Samantha.
      E finalmente, dato che "il nemico più crudele è l'uomo che non ha più nulla da perdere," l'Uomo che Fuma manda l'assassino alieno a guarire la madre di Mulder.