Una videocassetta di un'"autopsia aliena" e l'assassinio di un diplomatico giapponese spinge Mulder a cercare una strana creatura a bordo di un treno. Scully incontra un gruppo di persone che le rivela delle informazioni riguardanti la sua scomparsa.

Riassunto:
      Mulder visiona con grande interesse una videocassetta ordinata per corrispondenza che dovrebbe contenere un odierna autopsia aliena. La cassetta mostra una squadra di chirurghi giapponesi compiere l'operazione. Il nastro finisce improvvisamente quando un gruppo di soldati armati irrompe nella sala operatoria. Mulder e Scully rintracciano l'origine del nastro presso un'operazione video pirata ad Allentown, Pennsylvania. Quando gli agenti arrivano sulla scena, trovano il corpo di un uomo con una federa annodata sopra la testa. Mulder insegue un uomo giapponese che fugge dalla scena e lo prende in custodia. Skinner rivela che il sospetto, Kazuo Takeo, è un altolocato ufficiale governativo del corpo diplomatico giapponese.
      Mulder fruga nella ventiquattrore di Takeo, scoprendo delle fotografie da satellite ed un elenco di nomi contenente i membri del Mutual UFO Network. Mulder viene a sapere che le fotografie da satellite contengono le immagini del salvataggio di un vascello di nome Talapus, sfinito da mesi di ricerca di un sommergibile giapponese affondato durante la seconda guerra mondiale. La nave ha attraccato nel porto di Newport, Virginia, facendo supporre che forse il Talapus abbia trovato qualcos'altro che non il sommergibile affondato.
      L'elenco dei membri del Mutual UFO Network conduce gli agenti da Lottie Holloway e Penny Northern. Queste dicono a Scully che è una di loro. Confusa, Scully insiste che sta conducendo un'indagine dell'FBI sull'assassinio di Steve Zinnzser (l'uomo trovato con la federa sulla testa). Le donne dicono all'agente che Zinnzser era un membro del loro gruppo. Le descrivono inoltre le loro esperienze in un "brillante luogo bianco," facendo ricordare a Scully una parte di quello che ha subito durante la sua scomparsa. Le donne mostrano dei piccoli perri di metalloche sono stati rimossi chirurgicamente dalla base dei loro colli. Portano Scully all'ospedale, dove un'altro membro del loro gruppo, Betsy Hagopian, sta morendo a causa di un cancro non diagnosticato. Penny afferma che ogni persona che è stata rapita morira nella stessa maniera.
      Nel frattempo, Mulder va in Virginia dove scopre il Talapus nascosto in mezzo a barche molto più grandi. Nelle vicinanze, Mulder scopre un hangar per aerei che contiene un grande oggetto circolare - che il Talapus deve aver recuperato dal fondo del mare.
      Skinner dice a Mulder che il diplomatico giapponese è stato trovato assassinato. Più tardi, Mulder va a far visita al Senatore Matheson, che chieste la restituzione delle fotografie del satellite. Mulder crede che agendo così voglia intralciare le indagini sull'assassinio. Con un gesto criptico Matheson dà a Mulder un elenco contenente i nomi di quattro scienziati giapponesi assassinati.
      Scully e Mulder s'incontrano alla sede centrale dell'FBI. Mulder esibisce una fotografia di ufficiali medici giapponesi fatta durante la seconda guerra mondiale. Quattro degli uomini fotografati sono gli stessi chirurghi trovati assassinati il giorno prima. Mulder sospetta che gli scienziati cercassero di creare un ibrido umano-alieno, un lavoro simile a quello dei nazisti durante la guerra. Egli sospetta che il governo degli Stati Uniti possa essere dietro agli assassinii. Mulder inoltre mostra a Scully una fotografia di un vagone ferroviario che crede faccia parte di una linea ferroviaria segreta del governo, un vagone dove potrebbe essere stata eseguita l'autopsia aliena.
      Mulder va a Quinnimont, Virginia dell'ovest, dove scopre le carrozze del treno fotografate dal satellite. Mentre Mulder si prepara a saltare sopra una delle carrozze in movimento, Scully lo contatta sul suo telefono cellulare. Gli passa l'informazione, datale da X, che la sua vita è in grave pericolo. Ciononostante, Mulder salta sul tetto di una carrozza ferroviaria.

      Continua ......