Mentre Scully fronteggia un possibile licenziamento dall'F.B.I., ha luogo una caccia all'uomo per il mancante agente Mulder.

Riassunto:
      In questa continuazione dell'episodio precedente... Una squadra di soldati in mimetica, capitanata dall'Uomo che Fuma, è alla ricerca di Mulder e del nastro per computer creduto essere in suo possesso. Alberto Hosteen e la sua famiglia vengono interrogati e picchiati, e Scully - la cui visita al carro ferroviario non l'ha condotta da nessuna parte - viene arrestata, perquisita e interrogata. Ma gli sforzi dell'Uomo che Fuma si rivelano vani.
      Presso la sede centrale dell'F.B.I., a Scully viene dato un permesso obbligatorio di assenza fino a quando una commissione non avrà chiarito la natura della sua insubordinazione. Dopo la lavata di capo, Scully ritorna a casa dalla sua famiglia. Dice a sua madre di aver sbagliato a contraddire i suoi superiori. Quando Scully ritorna a Washington, Frohike l'informa che Il Pensatore - l'hacker di computer che ha avuto accesso ai file MJ - è stato assassinato in maniera professionale da ignoti assalitori. Quando Scully avvicina Skinner con le novità, e ipotizza che Mulder ed Il Pensatore potrebbero essere stati uccisi dagli stessi individui, Skinner si mostra interessato solo al nastro per computer scomparso.
      Nel frattempo, Albert e la sua famiglia indagano su degli avvoltoi che volano in circolo sopra il deserto del Nouvo Messico. Trovano il corpo esanime di Mulder vicino ad un tunnel dalle parti della cava. Viene trasportato in un hogan Navajo, una cupola di fango simile ad un igloo, dove sul suo corpo viene compiuto un rituale di guarigione chiamato La Via Benedetta. Mentre la cerimonia avanza, l'anima di Mulder incontra un ponte che si stende attraverso due mondi. Egli incontra la visione di Gola Profonda, e suo padre, e degli alieni intrappolati all'interno del carro merci. Nel terzo giorno del rituale, i Navajo vedono Mulder che riprende conoscenza.
      Mentre passa attraverso un posto di controllo della sicurezza alla sede centrale dell'FBI, Scully fa suonare il metal detector. Una guardia della sicurezza avvicina una sonda alla sua nuca e di nuovo scatta l'allarme. Confusa, Scully va al laboratorio medico, dove un dottore rimuove un microchip che si trovava appena sotto la sua pelle. Melissa convince sua sorella a far visita al Dott. Pomerantz, un ipnotista. Mentre è sotto ipnosi, Scully incontra delle visioni represse di uomini, luci ed allarmi.
      Dopo essersi ripreso dal suo incontro con la morte, Mulder ritorna a casa di sua madre nel Vigneto di Martha. Cerca degli indizi su suo padre e la gente con cui lavorava, certo che tali informazioni lo guideranno dalla sua scomparsa sorella.
      Mentre partecipa al funerale del Sig. Mulder, Scully viene avvicinato da un Uomo distinto. L'estraneo le dice che Mulder è morto, e che una squadra speciale sta per ucciderla. Più tardi, Skinner avvicina Scully fuori dal suo appartamento. I due vanno nell'appartamento di Mulder, dove una Scully molto diffidente estrae la pistola e chiede a Skinner di risponde alle sue domande.
      Frugando, coperti dalle tenebre, nell'appartamento di Scully, Alex Krycek ed il suo aiutante incontrano Melissa. Viene esploso un colpo e Melissa crolla sul pavimento.
      Mentre lo stallo tra Scully e Skinner continua, qualcuno si avvicina alla porta di ingresso dell'appartamento di Mulder. Prendendo di sorpresa Scully, Skinner riesce a disarmarla.

      Continua......