Ad una giovane agente dell'FBI viene assegnato l'incarico di sorvegliare un suo collega, ma si trova coinvolta nelle sue indagini sui fenomeni paranormali ed inspiegati.

Riassunto:
      L'agente speciale Dana Scully, un dottore medico ed istruttore all'accademia dell'FBI in Virginia, viene convocata dal suo capo Scott Blevins a Washington. Blevins assegna a Scully l'incarico di investigare -- e ridimensionare -- un progetto non assegnato denominato "X-Files," una copertura per i casi misteriosi e insoluti dell'FBI che sono collegati al paranormale.
      A Scully viene detto di contattare Fox Mulder, un agente che è divenuto ossessionato dagli altrimenti dimenticati casi X-File. Mulder dimostra un particolare interesse per una serie di decessi misteriosi sparsi per tutti gli Stati Uniti e collegati da un comune indizio: due strani segni rossi sulla pelle della vittime.
      Mulder e Scully volano a Bellefleur, Oregon, per indagare sulla morte di Karen Swenson, una studentessa del liceo che è morta misteriosamente, ed sul cui cadavere vi earno dei segni simili a due segni rossi. Gli agenti esumano il corpo Ray Soames, uno dei compagni di classe di Karen. Quando la bara di Soames viene aperta viene trovato al suo interno una strana carcassa umanoide. Il cadavere è stato trasformato in quello di un orangutan, e i raggi X rivelano un oggetto di un metallo non identificato impiantato nella cavità nasale della creatura.
      Mulder e Scully interrogano Billy Miles e Peggy O'Dell, compagni di classe di Swenson e Soames che sono stati feriti in un incidente automobilistico e da allora sono stati ricoverati in istituto. Miles è stato ridotto in un stato vicino al vegetale, mentre O'Dell è stata confinata in una sedia a rotelle. O'Dell improvvisamente diviene violenta, e nella lotta per soggiogarla, vengono scoperti due segni rossi sulla sua pelle.
      Durante la ricerca di dove Karen Swenson abbia incontrato il suo fato, gli agenti incontrano un detective che ordina loro di abbandonare il luogo. I due accettano, ma mentre guidano lungo la strada pubblica, vengono accecati da una strana luce proveniente dal cielo. La luce prosciuga l'energia dalla loro macchina, fermandola. Mulder guarda il suo orologio e si accorge che sono trascorsi nove minuti di cui non sa rendere conto.
      I due ritornano al loro motel dove Mulder svela a Scully che il suo interesse negli X-Files è cominciato nella sua infanzia quando sua sorella, che allora aveva otto anni, è stata rapita dalla loro camera da letto mentre lui dormiva. Mulder dice che non ricordava nulla dell'incidente fino a quando non si è sottoposto all'ipnosi anni dopo.
      Una telefonata anonima informa gli agenti che Peggy O'Dell è stata uccisa mentre correva su una via pubblica. Mentre indagano sull'incidente, gli agenti vengono informati che la sala per le autopsie è stata distrutta. Ritornano all'albergo per trovare le loro stanze devastate dalle fiamme, distruggendo tutte le prove messe insieme nelle indagini.
      Gli agenti incontrano Theresa Nemman, figlia del coroner che originalmente ha compiuto le autopsie sulle vittime. Ammette di aver visto anche lei i segni rossi sulla loro pelle, e descrive come una luce brillante fosse apparsa nel cielo la sera in cui si intratteneva fuori con i suoi amici Billy Miles e Peggy O'Dell.
      Mulder ipotizza che Billy Miles sia sotto il controllo di una forza aliena. Crede inoltre che Billy abbia ucciso Peggy O'Dell.
      Gli agenti ritornano nella foresta dove sperano di trovare più riscotri. Il detective Miles tenta di fermarli, e sia lui che Mulder vedono Billy portare Theresa nel bosco nel punto dove erano stati trovati gli altri corpi. Una luce misteriosa illumina Billy, ed un forte vento gli gira attorno. Poco dopo la luce si affievolisce ed il vento scompare, e Billy sta in piedi vicino a Theresa non sapendo dove si trova e come ci sia arrivato. I segni sono svaniti dalla sua pelle.
      Dopo essere tornata a Washington, Scully fa il suo rapporto. I supervisori rmangono molto stupiti del fatto che l'oggetto di metallo rimosso dal cadavere non sia stato distrutto con tutte le altre prove. Scully l'ha tenuto con se e glielo consegna come unica prova fisica rimasta di quello che avevano scoperto. L'oggetto di metallo viene preso dall'Uomo che Fuma e archiviato lontano insieme a molti altri all'interno di un grande magazzino del governo nella cantina del Pentagono.