Le notizie storiche del sodalizio religioso si perdono nel tempo; probabilmente esso sorge verso il Trecento in un periodo di grande spiritualità. Infatti a Savona a quell'epoca si annoveravano circa dieci Confraternite attive in città e almeno quattro in periferia.
In quel di Legino si hanno dati certi a partire dal 1586 allorquando Papa Sisto V concesse indulgenze ai Confratelli di S. Ambrogio; ciò significa che da parecchio tempo la Confraternita aveva una intensa e lodevole attività, tale da meritare l'attenzione del pontefice!
I Confratelli furono per secoli zelanti osservatori di molte ricorrenze: da quelle festose come il santo Patrono, i santi Fabiano e Sebastiano, i Ss. Pietro e Paolo e del culto Mariano a quelle relative al suffragio dei defunti, e naturalmente i momenti fondamentali della Settimana Santa.