Per microorganismi si intendono piccolissimi esseri viventi, che possono essere così suddivisibili:

I BATTERI hanno dimensioni dell'ordine di pochi micron (1 micron = 1 millesimo di millimetro), sono i più diffusi e presenti pressoché ovunque.

Si suddividono in moltissime specie, alcune delle quali sono estremamente utili all'uomo (ad esempio per la produzione di formaggi e yogurt), altre invece possono determinare malattie di vario genere e sono quindi denominati germi patogeni.

I batteri quando si trovano in un ambiente favorevole per nutrienti, temperatura, umidità, si nutrono e si riproducono attivamente (FORMA VEGETATIVA del battere). Quando l'ambiente diviene ostile (soprattutto per mancanza di acqua) alcune specie di batteri possono produrre una "corazza", detta SPORA, in cui si racchiudono e che può resistere per molto tempo alle condizioni più avverse. Questi batteri sono detti "sporigeni".

LE MUFFE si sviluppano in modo ideale in ambienti umidi. Esse sono responsabili di molte alterazioni degli alimenti, sebbene alcune di queste siano indispensabili alla buona riuscita di alcuni prodotti alimentari (es. gorgonzola, salumi stagionati, etc.). Molte muffe producono Tossine estremamente pericolose (micotossine) anche in quantità ridotte. Le muffe si riproducono attraverso la produzione e liberazione nell'ambiente di spore, o conidi, che possono sia accrescere la colonia d'origine, sia diffondersi nell'ambiente, trasportate ad esempio dalle correnti d'aria.

I LIEVITI sono sicuramente i meno pericolosi per la salute dell'uomo.Trovano il loro sviluppo ideale nelle sostanze a base di carboidrati e possono talvolta provocare alterazioni di vario tipo negli alimenti che ne contengano elevate quantità.

I VIRUS hanno dimensioni estremamente piccole, che oscillano tra 1 e 300 nanometri (1 nanometro = 1 milionesimo di millimetro) e sono costituiti solo da una capsula in cui è racchiuso il materiale genetico (DNA o RNA). A differenza dei batteri, che sono vere cellule che si nutrono delle sostanze prese dall'ambiente in cui si trovano, i virus si moltiplicano esclusivamente all'interno di altre cellule viventi, di cui sfruttano i meccanismi riproduttivi, portandole a morte.