Nei primi mesi del 1943 lasciò Navarino per far ritorno nelle acque metropolitane.

La Regia Nave Officina Nave "Quarnaro" dipendeva dal Comando Forze Navali.

Alla proclamazione dell'armistizio, la sera dell' 8 settembre 1943, il "Quarnaro" si trovava dislocato già da qualche tempo a Gaeta, ormeggiato all'interno del porto militare S. Antonio.

Il Comandante, cap. di vascello Pietro Milella, era in missione a Roma e della nave era responsabile il Comandante in 2a., cap. di corvetta Aniello Guida.

Nelle acque di Gaeta si trovavano anche le corvette "Gru", "Gabbiano" e "Pellicano", il sommergibile "Axum", la nave ospedale "Toscana", le motosiluranti 55, 64 e 71, il MAS 544, oltre alcuni mezzi sussidiari minori.

Quando, alle ore 19.45 circa, giunse via radio la voce del Maresciallo Badoglio che annunciava la proclamazione dell'armistizio, la prima reazione fu una prorompente euforia: sulle Unità i marinai correvano come pazzi da poppa a prua, saltando, urlando, abbracciandosi.

Con il passare delle ore, attenuatosi l'iniziale entusiasmo, sorse la consapevolezza che Comandanti ed equipaggi si trovavano abbandonati a se stessi senza sapere se fuggire o se continuare ad attendere direttive dall'alto. Venne ordinato di distribuire le armi a tutti e di rinforzare i servizi di guardia, considerato che a Gaeta, oltre ad alcune motozattere, i tedeschi erano presenti in forze sulle colline circostanti.

Nel frattempo automezzi tedeschi avevano cominciato a penetrare in città. Alle ore 2.20 del 9 settembre vi fu un attacco aereo tedesco e soldati germanici cominciarono ad affluire verso la banchina dove era ormeggiato il "Quarnaro"; altri penetravano di sorpresa nei locali della caserma del distaccamento Marina impossessandosi di armi automatiche e di fucili senza incontrare opposizione, perché il personale era ancora nel ricovero antiaereo.

Quasi contemporaneamente i tedeschi tentavano anche la cattura delle tre corvette, ma per la pronta reazione degli equipaggi, queste unità riuscivano fortunosamente a prendere il largo. Sfuggivano alla cattura anche il sommergibile "Axum" e la nave ospedale "Toscana".

Il "Quarnaro" non era riuscito a partire come le altre unità perchè disponeva di un apparato motore a vapore che abbisognava di molte ore per l'approntamento.

Appena i marinai uscirono dal ricovero, si accese una furiosa lotta contro i tedeschi: con le armi individuali e qualche mitragliatrice gli italiani diedero battaglia, appoggiati dall'equipaggio e dalle armi di bordo del "Quarnaro", contro il quale i germanici avevano aperto il fuoco. Per lungo tempo la zona del porto e quelle contigue furono teatro di accaniti scontri.

I combattimenti durarono tutta la notte, con morti e feriti da ambo le parti, ma al mattino del 9 settembre la situazione era ristabilita: in mano italiana restavano la caserma e il "Quarnaro". Verso le ore 09.00 i tedeschi, usciti sconfitti negli scontri notturni, riaprivano il fuoco con armi automatiche e cannoni leggeri contro il "Quarnaro", colpendolo ripetutamente. Dalla nave i marinai risposero con maggior vigore ed accanimento.

Alle ore 12.00 circa i tedeschi, rafforzati da soverchianti forze motorizzate e meccanizzate, a seguito di frenetiche trattative, riuscirono ad imporre il "cessate il fuoco" all'intero presidio di Gaeta, impossibilitato a continuare la resistenza al nemico. I combattimenti cessarono definitivamente verso le ore 14.00.

Verso le 18.00 fu impartito l'ordine che i marinai, dopo aver consegnato armi e munizioni, consentissero che una pattuglia tedesca restasse a bordo per vigilanza, mentre Comando ed equipaggio avrebbero continuato a svolgere il loro servizio. Ovviamente, non potè non accadere che la pattuglia di vigilanza si trasformasse in reparto di cattura.

Il "Quarnaro", con poca acqua sotto la chiglia e notevolmente danneggiato dai colpi ricevuti, si trovò nella impossibilità di autoaffondarsi; fu così catturato dai Tedeschi.

La Nave rimase abbandonata diversi giorni e dovette subire il saccheggio di sbandati, di detenuti evasi dal reclusorio militare, di civili che tentavano di risolvere problemi di approvvigionamento.

Il 20 settembre una piccola squadra di genieri tedeschi, nell'intento di ostruire il porto militare, salì a bordo del "Quarnaro", lo minò in punti vitali, appiccando anche il fuoco in diverse zone. Tagliati gli ormeggi, la nave fu mandata alla deriva. Percorsi un centinaio di metri, le cariche esplosero e la nave rovesciatasi immediatamente sul fianco sinistro affondò su un basso fondale.

Come riferiscono diverse testimonianze, erano le ore 15.00 circa.

Tutta la fiancata destra e le sovrastrutture rimasero in emersione e lo scafo, dopo aver continuato a bruciare per diverse ore, restò semisommerso a testimoniare i tragici eventi appena accaduti.

Il relitto della Regia Nave Officina "Quarnaro", venne recuperato nel 1949 e demolito. Al recupero partecipò un folto gruppo di maestranze locali.