Ikari Gendo è il comandante capo della NERV. Lui fa parte del "Progetto per il Perfezionamento dell'Uomo". La sua spietatezza fa a gara solamente con la sua ambizione per completare la propria differente agenda, rispetto a quella della SEELE, sul Human Instrumentality Project. Come Comandante, Gendo è molto esperto, segreto, realizza sempre i risultati ed è capace di rimanere calmo al comando, anche quando affronta situazioni atroci.

Come padre, comunque lui è freddo, senza cuore e molto crudele. Gendo non è mai stato con suo figlio, Shinji e non ha fatto alcun vero tentativo per conoscerlo meglio. Lui sembra essere deluso di Shinji e gli piace trattare suo figlio come se fosse un completo estraneo, quando occasionalmente ha a che fare con lui. E nessuno si meravigli del fatto che Shinji scelse di fuggire dopo che sua madre, Yui Ikari, morì. Al contrario, lui tratta ad Rei Ayanami come sua figlia. Una volta l'EVA-00 ebbe un incidente in prova, e si bruciò i palmi delle mani per salvare Rei. Solamente con Rei, Gendo esprime raramente le sue emozioni. Come disse Misato, lui è un debole nell'esprimere le sue emozioni.

Gendo è l'incarnazione di quello che l'EVA è. Gendo lavora per la NERV, anche se non condivide gli stessi obiettivi fissati dal comitato dell'ONU, una copertura della SEELE, la spina dorsale dietro alla NERV, che sembra intenta a eseguire il "Human Instrumentality Project"; il prossimo passo nell'evoluzione umana. La creazione di una sola entità perfetta formata dall'unità di tutte le anime umane, altrimenti noto come Third Impact. Tutti gli sforzi di Gendo sono volti a eseguire l'ultimo avvertimento di sua moglie; la prevenzione di un probabile Third Impact istigato dagli Angeli. È nobile? No. È cattivo? No. Lui sta solo cercando di essere il miglior uomo che può essere contro tutte le possibilità.